Les arrêtés ministériels concernant le 'territoire national' s'appliquent également sur le territoire des départements et régions d'outre-mer ainsi que sur le territoire de certaines collectivités territoriales comme Saint-Pierre-et-Miquelon ou dans les TAFF. Viennent s'y ajouter des arrêtés ministériels spécifiques les complétant.
Pour la Polynésie Française, la réglementation applicable sur le territoire européen et sur les DROM ne s'applique pas. Ce territoire français, de part son statut législatif temporaire qui devrait le méner vers le statut de Pays d'outre-mer, édite lui-même des textes pour la protection de la nature.
Points de repère sur le statut législatif de la Polynésie française 
La guyane est le département français couvrant la plus grande superficie (83 992 km² soit 1/6 de l'hexagone). Elle se compose de 2 grands type de milieux : une bande cotière très peuplée et une vaste zone forestière intérieure qui est le domaine de la forêt dense et humide (90% de la surface).
Les mammifères comptent actuellement 186 espèces dont 100 espèces de chauves-souris (toutes protégées), 33 espèces de rongeurs, 14 espèces de carnivores, 14 espèces de marsupiaux, 8 espèces de primates, 9 espèces d'édentés, 5 espèces d'artiodactyles, 1 espèce de cétacé, 1 espèce de Tapir, 1 espèce de Lamantin (sur les 3 présents dans le monde).
Mammifères
Arrêté ministériel du 15 mai 1986 fixant sur toute ou partie du territoire national des mesures de protection des mammifères représentés dans le département de la Guyane (J.O 25/06/1986)
29/07/2005 (J.O 08/11/2005)
Oiseaux
Arrêté ministériel du 15 mai 1986 fixant sur tout ou partie du territoire national des mesures de protection des oiseaux représentés dans le département de Guyane (J.O 25/06/1986)
24/03/2006
(J.O 26/03/2006)
Reptiles et Amphibiens
Arrêté ministériel du 15 mai 1986 fixant sur tout ou partie du territoire national des mesures de protection des reptiles et des amphibiens représentés dans le département de Guyane.
25/06/1986 29/07/2005
08/11/2005
Poissons
Arrêté ministériel du 23 septembre 2005 fixant la liste des espèces de poissons représentés dans les cours d'eau et les plans d'eau de Guyane (J.O du
13/11/2005)
Plantes
Arrêté ministériel du 9 avril 2001 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Guyane
(J.O du 05/07/2001)
Mammifères
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des mammifères représentés dans le département de la Guadeloupe (J.O du 24/03/1989)
Oiseaux
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des oiseaux représentés dans le département de la Guadeloupe (J.O du 24/03/1989)
Reptiles et Amphibiens
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des reptiles et amphibiens représentés dans le département de la Guadeloupe (J.O du 24/03/1989)
Gibier
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant la liste des espèces de gibier sur le territoire du département de la Guadeloupe (J.O du 24/03/1989)
04/07/2005 (J.O ?)
Plantes
Arrêté ministériel du 26 décembre 1988 relatif à la liste des espèces végétales protégées en région Guadeloupe (J.O du 03/03/1989)
27/02/2006 (J.O ?)
Insectes
Arrêté ministériel du 19 novembre 2007
fixant la liste des insectes de la Guadeloupe protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection (J.O du 18/12/2007)
Mammifères
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des mammifères représentés dans le département de la Martinique (J.O du 24/03/1989)
Oiseaux
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des oiseaux représentés dans le département de la Martinique (J.O du 24/03/1989)
Reptiles et Amphibiens
Arrêté ministériel du 17 février 1989 relatif aux mesures de protection des reptiles et amphibiens représentés dans le département de la Martinique (J.O du 24/03/1989)
Poissons et Crustacés
Arrêté ministériel du 12 novembre 2001 fixant la liste des espèces de poissons et de crustacés représentés dans les cours d'eau et les plans d'eau de la Martinique (J.O du 05/12/2001)
Gibier
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant la liste des espèces de gibier sur le territoire du département de la Martinique (J.O du 24/03/1989)
04/07/2005
Animaux avec réglementation préfectorale
Arrêté ministériel du 13 juillet 1995 relatif à la liste des espèces animales sauvages pouvant faire l'objet d'une réglementation préfectorale dans le département de la Martinique (J.O du 12/09/1995)
Plantes
Arrêté ministériel du 26 décembre 1988 fixant la liste des espèces végétales protégées en région Martinique (J.O du 03/03/1989)
Espèces Animales
Arrêté ministériel du 17 février 1989 fixant des mesures de protection des espèces animales représentées dans le département de la Réunion (J.O du 24/03/1989)
Gibier
Arrêté ministériel du 25 juillet 1991 fixant la liste des espèces de gibier dont la chasse est autorisée sur le territoire du département de la Réunion (J.O du 20/08/1991)
Plantes
Arrêté ministériel du 6 février 1987 fixant la liste des espèces végétales protégées dans le département de la Réunion (J.O du 19/06/1987)
Insectes
Arrêté du 19 novembre 2007 fixant la liste des insectes de la Réunion protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection (J.O du 13/02/1008, version consolidée au 6 mars 2008)
Espèces chassables
Arrêté ministériel du 27 juin 1985 fixant la liste des espèces de gibier dont la chasse est autorisée dans l'archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon (J.O du 27/07/1986)
04/07/2005
Espèces Animales
Arrêté ministériel du 28 mars 1989 fixant des mesures de protection des espèces animales représentées dans l’archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon (J.O du 19/05/1989)
Oiseaux
Arrêté ministériel du 14 août 1998 fixant sur tout le territoire national des mesures de protection des oiseaux représentés dans les Terres australes et antarctiques françaises (J.O du 11/10/1998)
modifié par AM du 29/07/2005 et du 08/11/2005
Plantes avec réglementation préfectorale Outre-Mer
Arrêté ministériel du 24 février 1995 relatif à la liste des espèces végétales sauvages pouvant faire l'objet d'une réglementation préfectorale dans les départements d'outre-mer (J.O du 11/04/1995)
